A pesar de que el modelo del Big Bang o La Gran Explosion, es un modelo teórico ampliamente aceptado entre la comunidad científica:
Se desconoce qué ocurrió en los primeros instantes tras el Big Bang. La respuesta se busca mediante el estudio del universo temprano, una de cuyas metas es encontrar la explicación a una posible unificación de las cuatro fuerzas fundamentales (fuerte, débil, electromagnética y gravitacional).
No existe un modelo definitivo de la formación de las estructuras actuales, a partir del Big Bang. La respuesta se busca mediante el estudio de la formación y evolución de las galaxias y la inflación cósmica.
No se sabe por qué el universo se expande con aceleración.
No se sabe cuál es el destino final del universo.
Se desconoce la naturaleza de la materia oscura y la energía oscura.
En el momento después del Big Bang las partículas elementales aparecieron, como los quarks, y no se conoce la proporcion entre protones y neutrones; estas particulas estan hechas por dos quarks con la misma carga eléctrica, no se habrían podido unir gracias a la interacción electromagnética, y si el universo se agrandó en un solo segundo cien octillones de veces, en este brevísimo lapso de tiempo la interacción nuclear fuerte no podría unir la casi totalidad (si no es la totalidad) de los quarks.